La zona arqueológica había sido reconocida por el historiador Rafael Ayala Echávarri, quien aportó datos importantes sobre ella y los difundió en su libro San Juan del Río, Geografía e Historia; publicado en 1971.

En la primera mitad de la década de los sesenta se realizaron los primeros reconocimientos arqueológicos sistemáticos como parte del proyecto U. A. San Juan del Río, de la Escuela Nacional de Antropología e Historia, coordinado por el arqueólogo Enrique Nalda y los resultados de La Investigación fueron presentados en 1975 en la tesis del mencionado arqueólogo.

Posteriormente, en 1986, se realizaron trabajos de rescate arqueológico coordinados por el arqueólogo Juan Carlos Saint-Charles y en 1991 el mismo investigador y la arqueóloga Ana María Crespo coordinaron una nueva intervención por parte del centro INAH Querétaro. La información recuperada en estos trabajo han sido publicada en revistas de la universidad Autónoma de Querétaro y en diferentes publicaciones del Instituto Nacional de Antropología e Historia.

Este sitio es uno de los más importantes en el estado de Querétaro por su larga historia de ocupación que va desde 500 a.c. hasta los años 900/1000 d.c., a lo largo de los cuales tuvo cambios tanto de población como en los patrones de asentamiento y arquitectónicos.

De esta larga ocupación se han distinguido tres principales etapas: la primera abarca desde 500 a.c. hasta 100 d.c. En este lapso se establecieron grupos seguramente provenientes del suroeste de Guanajuato y que identificamos con la llamada "Cultura Chupícuaro". Estos grupos ocuparon la cima del cerro de la cruz, donde se construyó un centro ceremonial, que contaba con pequeñas plataformas cuadrangulares de tierra y barro revestidas con toba careada; seguramente también había construcciones de materiales perecederos, de las que se han localizado cimientos de forma circular. En las faldas del cerro y en la margen izquierda del Río San Juan se construyeron terrazas escalonadas las que fueron utilizadas para habitación y cultivo. En cuanto a los habitantes, los restos óseos correspondientes a ésta época, indican que se practicaba la deformación craneana y la mutilación dentaria.

La segunda etapa de ocupación  se considera entre los años 100 d.c. y 700 d.c. en los inicios de esta etapa llegaron a la región grupos provenientes de la Cuenca de México. Ellos eligieron también el Cerro de la Cruz para su asentamiento y se realizaron obras de construcción que cambiaron el aspecto del antiguo centro ceremonial: se construyó una gran plataforma que cubre toda la superficie del cerro y en el sector noreste se edificó un basamento piramidal y una plaza abierta frente a la fachada oeste del mismo. Hacia 450 d.c. se había creado, al parecer por grupos teotihuacanos, un gran centro de poder en el Rosario, a escasos siete kilómetros al noreste del cerro de la cruz, y éste último, aunque continuó con su carácter de centro ceremonial, perdió su relevancia original.

La etapa comprendida entre los años 700 y 900 d.c. es de grandes movimientos de grupos y surgimiento de nuevos asentamientos en gran parte de Mesoamérica. Muchos centros de la época anterior fueron abandonados, sin embargo, a lo largo del Río San Juan se generaron nuevos asentamientos, principalmente en zonas de barrancas, aunque algunos centros de población previos fueron recuperados. Es el caso del cerro de la Cruz, que en términos arquitectónicos no denota grandes cambios, pero si gran actividad constructiva, principalmente hacia el oeste del cerro, en donde se construyeron plazas escalonadas, que ahora se encuentran bajo el caserío del barrio. Los habitantes practicaron enterramientos humanos en estas plazas, acompañados de ricas ofrendas de objetos de barro y piedra. Algunos de los individuos enterrados fueron previamente desmembrados. Algunos elementos de ofrendas indican algún tipo de relaciones con grupos del área de Oaxaca y de la cuenca alta del Río Lerma.

El norte de mesoamérica fue abandonado por parte de los grupos agrícolas a principios del segundo milenio y estos territorios fueron ocupados por grupos recolectores-cazadores conocidos como chichimecas, hasta la llegada de los españoles. Se puede considerar al Río San Juan, para estos momentos, como la frontera entre estos grupos chichimecas y los agricultores localizados hacia el sur de este río.

Fotografías por J. Alberto Flores Ayala

 Información tomada de folleto publicado por la presidencia municipal

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